O tratamento oferecido nos Centros de Especialidades Odontológicas é uma continuidade do trabalho realizado pela rede de atenção básica e no caso dos municípios que estão na Estratégia Saúde da Família, pelas equipes de saúde bucal que fazem o encaminhamento para o tratamento de média complexidade nos pacientes.
As especialidades são periodontia, odontopediatria, prótese, endodontia, cirurgia bucomaxilofacial, pacientes especiais e dentística.